Фамилия Апалько звучит как типичная украинская или южнорусская, и это первое, что бросается в глаза. Её выдает суффикс -ко, который в восточнославянской ономастике чаще всего указывает на уменьшительно-ласкательную форму или, в случае фамилий, на происхождение с территории современной Украины, Беларуси или юга России. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, -ин, модель на -ко (Апалько, Шевченко, Тимошенко) закрепилась именно в этих регионах, особенно в казачьей среде и среди крестьянства.

Основа фамилии — Апаль — скорее всего, усеченная форма от крестильного имени Аполлинарий (в просторечии Аполлон, Аполос) или от редкого имени Опалий. Аполлинарий в переводе с греческого означает «посвященный Аполлону», но в народной среде имя быстро сократили до обиходных вариантов: Апаля, Опаля, Паля. Суффикс -к- в сочетании с окончанием -о дал значение «маленький Апаля» или, что вероятнее для фамилий, «сын Апали». То есть Апалько — это патроним, отчество, которое со временем закрепилось как наследственная фамилия.

Есть и вторая, менее распространенная версия, которую иногда приводят исследователи украинских фамилий. Она связывает основу с диалектным глаголом «апати» или «опалювати» — обжигать, опаливать. В этом случае прозвище Апаль мог получить человек, занимавшийся выжигом угля, обжигом глиняной посуды или, скажем, смолокурением. Однако эта версия слабее: глагольные прозвища в форме Апаль для украинского языка нехарактерны, а вот сокращение имени — обычное дело.

С географической точки зрения фамилия Апалько встречается преимущественно на левобережье Украины — в Полтавской, Сумской, Харьковской областях, а также в прилегающих районах России (Белгородчина, Курщина). Это зона расселения черкас и слобожан, где фамилии на -ко были доминирующей моделью. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Апалько фигурируют как казаки и государственные крестьяне, то есть сословно это были свободные люди, а не крепостные — что тоже косвенно подтверждает малороссийское происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Апальков, Апалин, Опалько — показывает, что Апалько стоит особняком. Если Апальков — это уже обрусевшая форма (суффикс -ов), то Апалько сохранил исходную украинскую огласовку. Встречается и вариант написания через «о» — Опалько, но он реже: в церковных записях имя Опалий (от греческого «опалий» — поздний) тоже могло дать похожую фамилию, но здесь путаница с именем Аполлинарий практически неизбежна.

Итог простой: предок нынешних Апалько, скорее всего, носил обиходное имя Апаля — сокращение от церковного Аполлинарий. Фамилия закрепилась в украинской среде, на что указывает суффикс -ко, и не имеет отношения к великорусскому боярству или дворянству — это фамилия казацкого или крестьянского корня.