Фамилия Апольенова — редкий случай, когда географическая привязка и форма слова говорят больше, чем очевидная основа. На первый взгляд корень «Апольен-» кажется искажением имени Аполлон (через диалектное «Апольён»), но суффикс «-енов» подсказывает иную версию. В русской ономастике фамилии на «-енов» встречаются в два-три раза реже, чем на «-ов» или «-ев». Чаще всего они возникали не от имени, а от прозвища или названия профессии, оканчивающегося на «-еня»: например, Заика → Заикин, но если прозвище звучало как «Апольня» (человек, имеющий отношение к яблокам, от диалектного «аполька» — яблоко), то потомок становился Апольеновым.

Фонетически «Апольня» легко переходило в «Апольен» под влиянием церковного имени. Эта версия правдоподобнее, так как фамилия Апольенова почти не встречается за пределами южнорусских областей (Курская, Белгородская губернии), где «аполька» — распространённое народное название яблока. Мужской вариант — Апольенов — мог принадлежать крестьянину-садоводу или торговцу яблоками. В документах XIX века такие фамилии часто фиксировали не по святцам, а по дворовому прозвищу, которое давали по занятию или характерной черте. Переход прозвища в фамилию через суффикс «-енов» подтверждает, что носитель был не просто «сыном Аполлона», а потомком человека, которого окружающие называли Апольней.

Сравните с однокоренной фамилией Аполькин (от «аполька»), которая тоже распространена в Черноземье. Апольенова — более редкий вариант, сохранивший старую словообразовательную модель, исчезнувшую в XX веке. Если ваш предок носил эту фамилию, ищите его корни в среде крестьян-садоводов, а не в дворянских родах: фамилия не встречается в боярских списках и родословных книгах.