Фамилия Аполинарьева — редкий случай, когда за основу взято не просто имя, а его полная, архаичная форма. В большинстве фамилий на -ин, образованных от крестильных имен, мы видим сокращенные или народные варианты: Иванов (от Иван), Петров (от Пётр), Аполлонов (от Аполлон). Аполинарьева же происходит от церковного имени Аполинарий (с ударением на «а»). Это имя греческого происхождения, означающее «посвящённый Аполлону» или «губительный» (от «апполюми» — губить). В православных святцах оно встречается, но в быту почти не использовалось — слишком длинное и книжное.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает, что основа имени заканчивалась на мягкий или шипящий звук: Аполинарий → Аполинариев. Женская форма Аполинарьева — это стандартная притяжательная конструкция: «чей?» — «Аполинарьева», то есть дочь или жена человека по фамилии Аполинарьев. Мужской вариант фамилии — Аполинарьев.

У этой фамилии есть важная особенность: её могли дать не просто крестьянскому сыну, а человеку из духовного сословия. В среде священников и церковнослужителей было принято давать детям «календарные» имена в полной, нетронутой форме — как знак грамотности и приверженности церковной традиции. Поэтому Аполинарьевы, скорее всего, происходят из семей, где кто-то был дьячком, пономарём или священником. В крестьянской среде имя Аполинарий почти не встречалось — его заменяли на Полинарий, Поликарп или вовсе на народное Аполлон.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где духовенство было многочисленным, — например, к Ярославской, Костромской, Вологодской областям. Встречается она и сегодня, но крайне редко: по данным современных телефонных справочников, носителей фамилии Аполинарьев (и Аполинарьева) в России не более нескольких сотен человек. Это не «исчезнувшая» фамилия, но определённо редкая.

Если сравнивать с однокоренными — Аполлонов, Аполлинариев, Полинарьев — то Аполинарьева стоит особняком из-за ударения. В имени Аполинарий ударение падает на третий слог (АполинАрий), и фамилия сохраняет это ударение: АполинАрьева. Вариант Аполлинарьев (с двумя «л») — возможная орфографическая ошибка, возникшая под влиянием имени Аполлон, но исторически верное написание — с одной «л», как в греческом первоисточнике.