Фамилия Аполинаров — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ов скрывается имя, пришедшее из Древней Греции. В основе лежит каноническое мужское имя Аполинар (церковная форма — Аполлинарий). В переводе с греческого Apollinarios означает «посвящённый Аполлону», то есть солнечному богу-покровителю искусств. Имя это было распространено в среде духовенства и образованных горожан, но в крестьянской среде встречалось реже — слишком длинным и книжным оно казалось в быту.

Словообразовательная модель проста: к основе имени Аполинар прибавили типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын». Изначально Аполинаров — это отчество, которое затем закрепилось как наследственная фамилия. Интересно, что церковная форма имени (Аполлинарий) дала бы фамилию Аполлинариев, но в народном произношении имя упростилось до Аполинар, отбросив часть корня. Поэтому фамилия Аполинаров — это «народная» версия, более простая и удобная для русского уха.

С точки зрения географии, фамилия редкая, но не единичная. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. В XIX веке носители фамилии могли быть как из духовного сословия (семинаристы нередко получали фамилии по именам святых), так и из крестьян или мещан, чьих предков окрестили редким именем в честь святого Аполлинария Равеннского.

Есть и более прозаическая версия происхождения, которую не стоит сбрасывать со счетов. В некоторых говорах слово «аполинар» или «полинар» могло быть искажением названия профессии — например, «палинар» (от лат. palinarius — «пахарь» или «земледелец»). Однако эта гипотеза слабая и не подкреплена словарями русских говоров. Основная и самая правдоподобная версия — именно от имени Аполинар, которое в святцах писалось через два «л», а в быту часто теряло одну букву.

Таким образом, фамилия Аполинаров — это редкий образец книжного имени, обрусевшего через народное произношение. Носитель такой фамилии может с высокой вероятностью предположить, что его предок был либо человеком церковного круга, либо крестьянином, которого при крещении назвали в честь малораспространённого святого — скорее всего, в XVIII–XIX веках.