Фамилия Аппакова образована от тюркского прозвища Аппак, что восходит к татарскому «ап-ак» — «совершенно белый». Скорее всего, так прозвали светловолосого или бледнолицего человека. В основе лежит усилительная частица «ап» и корень «ак» (белый), что характерно для тюркского словообразования, где удвоение придает значению высшую степень качества.

Исторические документы связывают возможного предка Аппаковых с крымско-казанским мурзой Аппаком, который перешел на русскую службу в 1519 году. Это одна из немногих фамилий, где фиксируется точная дата появления родоначальника в московской аристократии. Мурза — титул знати, поэтому ранние носители фамилии принадлежали к служилому сословию, а не к крестьянам.

Фамилия закрепилась с суффиксом -ов, типичным для русских фамилий тюркского происхождения. Встречаются варианты написания Аппаков и Аппакова — женская форма следует общему правилу. В отличие от многих восточных фамилий, здесь нет альтернативных этимологий: связь с «белым» признается основной, а другие толкования (например, от имени Аппак как уменьшительной формы) не имеют серьезного обоснования.

Географически фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры, что подтверждает ее тюркские корни. Встречается редко, что делает ее ценной для генеалогического поиска — при документальной проверке можно опереться на конкретное историческое лицо XVI века.