Фамилия Ардапкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени через суффикс -ин. Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «чей?» — Ардапкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Ардапка. Основа фамилии — Ардапк-, где конечное -а отпало при образовании фамилии (Ардапка → Ардапкин). Это типичная схема для русских фамилий, возникших в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей.

Само прозвище Ардапка, скорее всего, восходит к тюркскому имени или слову. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть ряд имён с корнем «арда» — например, Ардак, Ардаган. «Ардак» означает «уважаемый, почётный». Уменьшительно-ласкательный суффикс -ка в русской среде легко присоединялся к таким именам, превращая их в бытовые прозвища (ср. Ивашка, Мишка, Ардапка). Менее вероятна, но возможна версия связи с диалектным словом «арда» — в некоторых говорах так называли грязь, топь, но прозвище от такого корня звучало бы иначе и вряд ли дало бы форму «Ардапка».

Фамилия Ардапкин — редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских родов и не зафиксирована в крупных исторических справочниках, таких как «Ономастикон» Веселовского. Географически её следы ведут в регионы Поволжья и Приуралья — зону активных русско-тюркских контактов. Там же, в среде бывших крестьян и однодворцев, часто встречаются фамилии на -ин от тюркских основ. Предки современных Ардапкиных, вероятно, носили прозвище Ардапка, данное по имени или уважительному обращению, и жили в смешанных поселениях, где русские и тюркские языки влияли друг на друга.

Отличить Ардапкиных от однокоренных фамилий (Ардаков, Ардашев, Ардатов) помогает именно суффикс -ин и характерное окончание -пк-. Такая форма могла возникнуть только в устной речи — как вариант произношения имени Ардапка, где звук «п» появился под влиянием диалектного произношения или упрощения стечения согласных. В документах фамилия могла писаться по-разному: Ардапкин, Ардапкын, Ордапкин — пока не закрепилась в современном виде.