Фамилия Арутюняю — редкий случай, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем произношение. Перед нами не опечатка и не искажение, а форма, в которой сохранился архаичный суффикс принадлежности. Если стандартная армянская фамилия Арутюнян образована от имени Арутюн с помощью патронимического суффикса -ян (что значит «из рода Арутюна»), то окончание -юю указывает на русскую грамматическую адаптацию XIX — начала XX века. В те времена, когда армянские фамилии вносили в метрические книги или паспорта, их нередко склоняли как прилагательные: Арутюнянов, Арутюнянский, а в женском роде — Арутюняю. То есть носитель фамилии Арутюняю — почти наверняка женщина, чья фамилия застыла в форме родительного или дательного падежа женского рода от исходной мужской Арутюнян.

Само имя Арутюн (арм. Հարություն) переводится с древнеармянского как «воскресение». Это калька с греческого «Анастасис» — одно из ключевых понятий христианства. В армянской традиции имя давали в честь Воскресения Христова, и оно было одним из самых распространённых. Соответственно, фамилия Арутюнян (и её вариант Арутюняю) означает буквально «потомок Воскресшего» — скорее не прозвище по занятию, а религиозно-именное наследие. Никакого ремесла или географической привязки за ней не стоит, только имя предка.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что сохранила нестандартное для русского уха окончание. В армянском языке нет категории рода, поэтому суффикс -ян универсален для мужчин и женщин. Но при переносе в русскую среду фамилии на -ян часто начинали склоняться по образцу существительных или прилагательных. Форма Арутюняю — результат такого склонения, зафиксированный в документах и перешедший в паспорт. Это не ошибка, а живое свидетельство двуязычия и бюрократической истории Российской империи и раннего СССР.

Встречается фамилия крайне редко — в основном у потомков армянских переселенцев в южных регионах России (Ставрополье, Краснодарский край, Ростовская область) и в Закавказье. Если искать однокоренные варианты, то ближе всего Арутюнян, а также Арутюнов — русифицированная форма, где армянский суффикс заменили на русский -ов. Но Арутюняю стоит особняком: она не переделана, а лишь приспособлена к русской грамматике, и потому говорит о носителе больше, чем любая другая версия.