Фамилия Арутюня — один из тех случаев, когда по окончанию можно безошибочно определить историю семьи. В основе лежит армянское имя Арутюн (Հարություն), которое переводится как «воскресение». Это прямое заимствование из христианского лексикона: имя означает Воскресение Христово и относится к числу календарных, церковных имён. Предка, скорее всего, назвали в честь праздника или святого, связанного с этим понятием.

Главная особенность фамилии — её непривычное для русского уха окончание. В самой Армении фамилия звучала бы как Арутюнян, с суффиксом -ян, который указывает на принадлежность к роду («из рода Арутюна»). Но здесь мы видим чистую форму без конечной «н». Такое написание — не ошибка, а следствие русской транскрипции и советского документооборота. В ряде случаев, особенно при записи в паспортах на Кубани и Дону, армянские фамилии на -ян записывали без последней буквы, подравнивая под привычную русскую модель (ср. Степан → Степанов, но Арутюн → Арутюня). Это не единичный случай: похожим образом появились фамилии Оганеся (вместо Оганесян) и Геворкя (вместо Геворкян).

Географически фамилия Арутюня чаще всего встречается в Краснодарском крае, Ростовской области и Ставрополье — регионах, куда армяне массово переселялись в XIX–XX веках. В самой Армении такая форма практически не бытует: там пишут Арутюнян. Поэтому по фамилии можно с большой вероятностью предположить, что предки носителя — армяне, жившие на Кубани или Дону, где местные чиновники при записи отбрасывали «н» по аналогии с русскими фамилиями.

Имя Арутюн в армянской традиции очень популярно, поэтому фамилия распространённая, но без суффикса -ян она выделяется на общем фоне. Если встретили Арутюня, а не Арутюняна — перед вами, скорее всего, потомок переселенцев, чью фамилию записали в русском варианте. Никакого другого, неармянского происхождения у этой фамилии нет: попытки связать её с тюркскими корнями или с греческим «аретэ» (добродетель) — это домыслы, не подтверждённые ономастикой.