Фамилия Арутюняан — это нестандартная, но осмысленная русская запись армянской фамилии Арутюнян. Двойное «а» в конце — не опечатка, а редкое написание, которое закрепилось при паспортизации из-за особенностей произношения или слухового восприятия. В самой Армении такая форма нехарактерна, поэтому её носители — это, скорее всего, армяне, долго жившие в России или бывших республиках СССР, где паспортисты могли исказить оригинальное окончание.

Основа фамилии — армянское мужское имя Арутюн (арм. Հարություն), что значит «воскресение». Это церковное имя, связанное с праздником Пасхи. В армянской ономастике оно столь же распространено, как в русской имя Воскресенский, но используется как личное, а не фамильное прозвище. Арутюн — одно из самых частых армянских имён, и фамилии от него образуются массово, но именно ваш вариант выделяется графически.

Суффикс «-ян» (или «-ан» в диалектах) — классический армянский патронимический формант, указывающий на принадлежность к роду. Арутюнян означает «из рода Арутюна», «потомок Арутюна». В русской записи суффикс обычно упрощается до «-ян», но в вашем примере гласная удвоилась. Это могло произойти под влиянием литературной нормы, местного говора или, что вероятнее, при заполнении документов: паспортист на слух воспринял долгий гласный и записал его двумя буквами.

Сравните с однокоренными вариантами: Арутюнян (стандартная армянская форма), Арутюнов (русифицированная с суффиксом «-ов», как у Григорьев или Петров), реже Арутюнянц. Ваш вариант — Арутюняан — стоит особняком как графический курьёз, который, однако, не меняет смысла: предок носителя был человеком по имени Арутюн, и фамилия прочно привязана к христианской традиции Армении, к идее воскресения.