Фамилия Атманян построена по классической армянской модели: основа плюс суффикс -ян, в старой орфографии — -янц. Этот суффикс — главный патронимический маркер в армянском языке, аналог русских -ов/-ев или -ин. Он указывает на принадлежность к роду: Атманян — это потомок, сын или человек из рода Атмана.

Спор как раз вокруг того, что скрывается в основе — в имени или прозвище Атман. Здесь есть две версии, и обе по-своему обоснованы, хотя правдоподобность у них разная.

Первая версия: Атман — это армянская переделка имени Оттон (Отто). В Закавказье немецкое имя могло попасть через колонии переселенцев или, что менее вероятно, через крестоносцев. В армянском языке «Отто» нередко превращалось в «Атман» или «Отман» — отсюда и параллельная фамилия Отманян. Версия не лишена оснований, но она слабее для тех регионов, где немецкое влияние было минимальным.

Вторая версия — тюркская. Слово «атман» у тюрок и в Османской империи означало «всадник», «конник», «опытный наездник». Прозвище могли дать воину легкой конницы или просто человеку, который хорошо держался в седле. Для армян Западной Армении (исторические области Васпуракан, Сасун) такие прозвища, связанные с военным делом, были обычны. Но фамилия Атманян встречается и у армян из Нагорного Карабаха и Сюника, где тюркские корни прозвища выглядят естественнее, чем немецкое имя.

Географически фамилия не привязана к одной области: она есть и у потомков выходцев из Западной Армении (сейчас территория Турции), и у армян из Восточной Армении и Арцаха. Значит, прозвище Атман было распространено в разных диалектах и регионах.

Слабые гипотезы, вроде связи с санскритским «атман» (душа), для армянской ономастики нетипичны, и их можно отбросить. Самое правдоподобное объяснение: тюркское по происхождению прозвище «всадник» плюс армянский патронимический суффикс. Предок носителей фамилии Атманян, скорее всего, был наездником или получил такое прозвище за службу в коннице. Фамилия прямо указывает на занятие или характерную черту основателя рода, а не на место, откуда он родом.