Фамилия Авакян происходит от армянского имени Авак (или его церковной формы Авакий). Это имя восходит к библейскому мужскому имени Аввакум, которое имеет древнееврейские корни и переводится как «обнимающий». В армянской традиции имя Авак стало самостоятельным и широко распространённым, что и породило множество фамилий на его основе.

Словообразовательная модель фамилии типична для восточноармянских фамилий: к основе Авак добавляется суффикс -ян, который означает принадлежность или происхождение («из рода Авака»). В западных диалектах армянского языка тот же суффикс часто выглядит как -янц, поэтому возможны варианты Авакянц. В русской среде фамилия закрепилась в форме Авакян.

Стоит отметить, что в самой Армении фамилия нередко писалась через «х» — Авахян, что связано с особенностями произношения в некоторых диалектах: звук «к» на конце имени мог переходить в «х». Однако в официальных документах и при русификации чаще фиксировался вариант с «к».

По социальному происхождению фамилия Авакян не указывает на конкретное сословие: её носителями могли быть и крестьяне, и ремесленники, и священнослужители. В армянской среде имя Авак иногда давали в честь святого Аввакума, поэтому часть носителей фамилии может быть потомками семей, особенно почитавших этого библейского пророка.

Географически фамилия наиболее распространена в исторических регионах Восточной Армении — в Сюнике, Арцахе, а также среди армянской диаспоры на Северном Кавказе и в Краснодарском крае. В России фамилия встречается повсеместно, но чаще в южных регионах и крупных городах с армянскими общинами.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Аваков (русифицированная форма, где армянский суффикс -ян заменён на русский -ов) и Авакянц (западный вариант) — все они восходят к тому же личному имени Авак. Выбор конкретной формы зависел от того, в какой среде фамилия фиксировалась: в Российской империи армянские фамилии часто адаптировали под русские модели.