Фамилия Авдюков ведет начало от библейского имени Авдий. В переводе с древнееврейского оно означает «служащий Богу»: так звали нескольких ветхозаветных персонажей, в том числе пророка, написавшего самую короткую книгу Ветхого Завета. На русской почве имя Авдий обросло множеством уменьшительных и обиходных форм — Авдя, Авдюк, Авдюша. Именно от формы Авдюк и образована фамилия Авдюков.

Суффикс -юк в основе указывает на западноукраинское происхождение. В польском, белорусском и украинском языках этот суффикс типичен для патронимов: он отвечает на вопрос «чей?» и буквально значит «маленький» или «потомок». Так что Авдюков — это «сын Авдюка», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным именем Авдюк. Модель образования здесь та же, что у фамилий Ковалюк, Павлюк, Тарасюк, но с добавлением русского патронимического суффикса -ов, который «обрусел» исходно украинскую основу.

В отличие от распространенного мнения, фамилия Авдюков не обязательно означает прямую связь с духовенством. Имя Авдий давали не только монахам и священникам, но и крестьянам, и горожанам — оно было вполне употребительным вплоть до XIX века. Однако в некоторых регионах, особенно на юге России и в Западной Сибири, фамилия действительно чаще встречалась в среде церковнослужителей и их детей, получивших «семинарские» фамилии по именам библейских персонажей.

Спорных версий происхождения у фамилии практически нет: все исследователи сходятся на том, что корень — имя Авдий, а разногласия касаются только географического пути: одни считают фамилию «чисто украинской», другие — результатом взаимодействия украинской и русской ономастических традиций. В словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилия не выделяется как редкая, но и не относится к самым частотным. Встречается она преимущественно в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани — то есть в зоне исторического смешения великорусского и малорусского населения.