Фамилия Авдюкова — женская форма фамилии Авдюков. В её основе лежит разговорная форма крестильного имени Авдий (от древнееврейского «эвед» — «слуга Божий»). Имя Авдий, известное по библейскому пророку, в народной речи дало множество уменьшительных вариантов: Авдя, Авдюня, Авдюк. Последний и стал прямым источником фамилии.

По модели образования фамилия типична для русского Северо-Запада и Поволжья: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный, и указывал на принадлежность («чей?» — сын Авдюка). Скорее всего, основатель рода Авдюковых был человеком из простого сословия — крестьянином или посадским, поскольку в документах XVI–XVII веков подобные формы имён встречаются именно в среде тяглого населения, а не среди дворянства.

Интересная деталь: имя Авдий в русской традиции иногда путали с именем Авдей, но это разные календарные имена. Авдий — из числа ветхозаветных, а Авдей — греческая адаптация того же корня. В говорах Вологодчины и Архангельской области форма Авдюк была особенно распространена, что позволяет предположить северное происхождение фамилии. Встречаются и родственные фамилии: Авдюковский, Авдюхин, Авдюшин — все они восходят к тому же имени, но через разные суффиксы.

Таким образом, фамилия Авдюкова буквально означает «принадлежащая Авдюку», то есть потомку человека, которого в быту звали сокращённо от церковного Авдий.