Фамилия Авдюковы образована от имени Авдей (церковная форма — Авдий). Это библейское имя древнееврейского происхождения, означает «служащий Богу». В основе фамилии лежит разговорная форма имени — Авдюк, где суффикс -юк указывает на западноукраинское или белорусское происхождение. Такая модель типична для регионов, где уменьшительные имена активно переходили в фамилии без дополнительных изменений.

Интересно, что фамилия Авдюковы стоит в ряду однокоренных: Авдеев, Авдюгин, Авдюшин. Все они восходят к одному имени, но различаются по суффиксам и, следовательно, по географии бытования. Авдеев — самая распространённая форма, характерная для центральной России. Авдюковы же, с суффиксом -юк, тяготеют к западным землям: Брянщина, Смоленщина, а также Украина и Беларусь. Это важная деталь: суффикс -юк в русских фамилиях встречается редко и почти всегда сигнализирует о миграции предков с запада или о смешанных браках.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно, но можно предположить, что она оформилась не ранее XV–XVI веков — в период, когда фамилии в западнорусских землях только начинали закрепляться. Потомок Авдюка, то есть человека, которого в быту звали уменьшительно от Авдея, со временем стал Авдюковым. Никакого дополнительного прозвища или ремесла за этой фамилией не стоит — только имя предка, что типично для патронимических фамилий.