Фамилия Айдина — редкий случай, когда на стыке двух языков возникла необычная словообразовательная конструкция. Она образована от имени Айдын (Aydın) с помощью русского фамильного суффикса -а. В тюркских языках, прежде всего в турецком и азербайджанском, слово aydın означает «светлый», «просвещённый», «ясный». Имя Айдын в Турции и Закавказье популярно до сих пор, а в XIX–XX веках его нередко давали мальчикам с пожеланием ума и ясного пути.

Суффикс -а в русских фамилиях встречается редко и почти всегда указывает на украинское или южнорусское происхождение. В украинской традиции так оформляли фамилии от имён и прозвищ: Шевченко → Шевченка, Грицько → Грицька. Айдина, скорее всего, возникла именно в среде, где тюркское имя адаптировали по украинской модели. То есть первый носитель фамилии мог быть сыном человека по имени Айдын, которого в документах записали как «Айдина» — буквально «чей? — Айдина».

Географически фамилия встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области, а также в Крыму. Это зона активных контактов русских и украинских переселенцев с тюркским населением. Не исключено, что фамилия могла возникнуть и в среде греков Приазовья или армян, которые тоже использовали тюркские имена. В отличие от фамилий на -ов/-ев (Айдынов), форма Айдина сохранила «необрусевшее» окончание — её не подогнали под стандартную патронимическую модель, а оставили как есть, что и делает её особенно интересной для историка ономастики.