Фамилия Айдукова — женская форма от Айдуков, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Айдук. Основа здесь — тюркское слово «айдук» (или «айдык»), что в переводе с ряда тюркских языков означает «светлый», «лунный», «месячный». Это типичное для тюркской ономастики личное имя, которое давали ребенку, родившемуся в полнолуние или просто желанному, «светлому» наследнику. Встречаются варианты Айдык, Айдук, Айтук — все они восходят к одному корню «ай» (луна).

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Айдуков — сын Айдука. По модели образования фамилия полностью вписалась в русскую патронимическую традицию, когда фамилии на -ов/-ев массово давали крестьянам и мещанам в XIX веке. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще возникали от основ на -а/-я, Айдуков сохраняет тюркскую основу, оканчивающуюся на твердый согласный.

Географически фамилия Айдукова встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками жили бок о бок русские, татары, башкиры и чуваши. В метрических книгах XIX века носители фамилии фиксировались, к примеру, в Самарской и Оренбургской губерниях. Это говорит о том, что предки могли быть крещёными татарами или башкирами, принявшими православие и вместе с ним русскую фамильную форму.

Стоит заметить, что фамилия не связана с гайдуками — балканскими повстанцами или венгерскими пехотинцами, хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. В русском языке слово «гайдук» закрепилось через польское посредство, но здесь корень другой, тюркский. Поэтому версия о происхождении от воинского прозвища — маловероятна, хотя и встречается в любительских этимологиях.