Фамилия Айдукова — женская форма, восходящая к мужской Айдуков, а та, в свою очередь, к имени или прозвищу Айдук. Основа здесь — тюркское слово «айдук» (или «айдык»), означающее «светлый», «лунный», «месячный». В тюркской ономастике такое имя давали ребенку, родившемуся в полнолуние, или просто желанному, «светлому» наследнику. Встречаются варианты Айдык, Айдук, Айтук — все они восходят к корню «ай» (луна). Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Айдуков — сын Айдука. По модели образования фамилия вписалась в русскую патронимическую традицию: фамилии на -ов/-ев массово давали крестьянам и мещанам в XIX веке. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще возникали от основ на -а/-я, Айдуков сохраняет тюркскую основу, оканчивающуюся на твердый согласный.

Географически фамилия Айдукова встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками жили рядом русские, татары, башкиры и чуваши. В метрических книгах XIX века носители фамилии фиксировались, например, в Самарской и Оренбургской губерниях. Это указывает на то, что предки могли быть крещёными татарами или башкирами, принявшими православие, а вместе с ним — русскую фамильную форму.

Важно различать: фамилия не связана с гайдуками — балканскими повстанцами или венгерскими пехотинцами, хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. В русском языке слово «гайдук» закрепилось через польское посредство, но здесь корень другой, тюркский. Версия о происхождении от воинского прозвища маловероятна, хотя и встречается в любительских этимологиях. Единственное, что можно добавить: редкий суффикс «-дук» в основе встречается не только в этой фамилии, но и в однокоренных Айдуков, Айдыков — все они держатся на том же «светлом» корне, что делает их прозрачными для этимолога, но не очевидными для обычного носителя языка.