Фамилия Айдуков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от личного имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ов. В основе лежит имя Айдук, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. Слово «айдук» (или «айдык») в тюркских языках означает «светлый», «лунный», «ясный» — от «ай» (луна) и аффикса, придающего значение обладания качеством. Так могли прозвать человека со светлыми волосами, светлой кожей или просто ясным, открытым нравом.

Менее вероятна, но не исключена версия, связывающая фамилию с диалектным русским словом «айда» (повелительное «пошли», «двигайся») или с украинским «гайда» — в этом случае прозвище Айдук мог получить человек подвижный, непоседливый, заводила. Однако тюркская этимология представляется более убедительной, поскольку фамилия встречается в регионах с историческим соседством с тюркоязычными народами — в Поволжье, на Урале, в южнорусских областях.

Сама фамилия Айдуков — типично русская по форме: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Айдука). Такие фамилии в XVIII–XIX веках закреплялись за крестьянами и мещанами, реже — за служилыми людьми. Социальный состав носителей был пёстрым, но большинство предков Айдуковых, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию при переписях по имени отца или деда.

Интересно, что фамилия Айдуков — не единственная в этом ряду. Есть однокоренные Айдуковы, Айдуллины, Айдугановы, и все они восходят к тому же тюркскому корню. Это говорит о том, что имя Айдук было достаточно популярным в смешанной среде, где русские и тюркские традиции переплетались веками. География фамилии сегодня — в основном Центральная Россия и Поволжье, хотя отдельные носители встречаются и за Уралом.