Фамилия Айдуков — классический пример того, как тюркское по происхождению имя «врастает» в русскую фамильную систему. Её основа — имя или прозвище Айдук, а суффикс -ов прямо отвечает на вопрос «чей?»: сын Айдука. Такая модель была основной при закреплении фамилий за крестьянами и мещанами в XVIII–XIX веках, поэтому большинство предков Айдуковых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию при переписях по отцу или деду.

Сам корень — тюркский. Слово «айдук» (или «айдык») образовано от «ай» (луна) с аффиксом обладания качеством. Значение — «светлый», «лунный», «ясный». Прозвище могли дать человеку со светлыми волосами, светлой кожей или просто с открытым, ясным нравом. Эта версия выглядит убедительнее альтернативной, которая связывает фамилию с русским диалектным «айда» («пошли», «двигайся») или украинским «гайда». В таком случае Айдуком назвали бы непоседу и заводилу, но тюркская этимология поддерживается географией: фамилия встречается в Поволжье, на Урале и в южнорусских областях — там, где русские и тюркские традиции переплетались веками.

Айдуков — не одиночка в этом ряду. Однокоренные Айдуллины, Айдугановы восходят к тому же корню, что говорит о популярности имени Айдук в смешанной среде. Сегодня носители фамилии сосредоточены в основном в Центральной России и Поволжье, хотя отдельные семьи встречаются и за Уралом.