Фамилия Айдынова восходит к мужскому имени Айдын, которое является фонетическим вариантом древнетюркского имени Айдин. В переводе на русский язык оно означает «светлый, лучистый; лучезарный». В древности слово «ай» имело следующие переносные значения: «красивый, ценный; святой; чистый, светлый, лучистый; умный; дорогой; обильный; счастливый; полный» и другие. Согласно обычаю, ребенку, родившемуся во время сияния луны или полнолуния, давалось имя, в состав которого входило слово «ай». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Айдыновых можно лишь на основании генеалогических исследований.