Фамилия Айдынова образована от мужского имени Айдын — фонетического варианта древнетюркского имени Айдин. В основе лежит слово «ай», которое в переносном смысле означало «красивый, ценный, святой, чистый, светлый, лучистый, умный, дорогой, обильный, счастливый, полный». Само имя Айдын переводится как «светлый, лучистый, лучезарный». По древнему обычаю, ребёнку, родившемуся в полнолуние или во время яркого лунного сияния, давали имя с корнем «ай» — чтобы передать ему эти свойства.

Фамилия оформлена по русской модели с суффиксом -ов- и окончанием -а, что характерно для фамилий, возникших в среде, где тюркские имена адаптировались к русской грамматике. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Айдынова — «дочь (или жена) Айдына». Встречается и мужская форма — Айдынов, но женский вариант Айдынова закрепился как самостоятельная фамилия, чаще всего по линии матери или в документах.

Процесс формирования таких фамилий был длительным и неоднородным. В разных регионах — от Поволжья до Кавказа и Средней Азии — тюркские имена могли становиться фамилиями в разное время: у оседлых народов раньше, у кочевых — позже, вплоть до XX века. Поэтому точное место и время возникновения рода Айдыновых можно установить только по конкретным генеалогическим записям, а не по одной лишь этимологии.

В ономастических трудах, например в работах Б. Унбегауна, отмечается, что фамилии на -ов от тюркских имён — распространённое явление в русском ономастиконе, но каждая из них требует отдельной проверки по региональным источникам. Для фамилии Айдынова такой проверки пока нет, поэтому основная версия — происхождение от имени-прозвища со значением «светлый» — остаётся самой надёжной.