Фамилия Айдова — один из тех случаев, когда родовое имя прямо указывает на карту: предки могли получить её по месту жительства. Вопреки первому впечатлению, корни здесь не славянские, а тюркские. Основа фамилии — топоним или гидроним Айда (Айды). В Поволжье и Приуралье так называли несколько небольших рек, а также селения, стоящие на них. Человек, переселившийся с реки Айды или из села Айдово, получал прозвище Айд, а его дети уже записывались как Айдовы.

Суффикс -ов — стандартная русская модель принадлежности («чей?» — «Айдов»). Но сама основа Айд- тюркская. В башкирском, татарском и казахском языках «ай» означает «луна», а «айды» — «лунный», «светлый», «сияющий». Отсюда могло пойти прозвище: Айд — человек со светлым лицом или родившийся в полнолуние. Однако для фамилии Айдова топонимическая версия выглядит убедительнее: указание на место, откуда родом первый носитель, встречается в таких случаях чаще, чем прозвище по внешности.

Женская форма Айдова — исходная, грамматически правильная для замужней женщины или дочери. Мужской вариант — Айдов. Это нередкий случай, когда фамилия бытует преимущественно в «женском» облике из-за того, что в документах чаще фиксировали женщин (например, в метрических книгах). Встречается она в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — это подтверждает региональную привязку к Волго-Уральскому региону.

Орфографическая особенность бросается в глаза: фамилия пишется через «о» (Айдова), а не через «а» (Айдава), что закрепляет ударение на первом слоге. Это отличает её от возможных однокоренных фамилий вроде Айдаров, где корень другой — от имени Айдар. В случае с Айдовой мы имеем дело не с личным именем, а с прозвищем или названием места, что делает её более редкой в ономастическом плане. Если сравнивать с фамилиями на -ов от тюркских основ, Айдова стоит особняком: здесь нет распространённого суффикса -ар или -яр, который часто указывает на деятеля или обладателя качества. Это дополнительный аргумент в пользу того, что перед нами не прозвище по действию, а именно «топонимический отпечаток» — метка о переселении.