Фамилия Айтукова — женская форма фамилии Айтуков, которая имеет тюркские корни и распространена среди народов, говорящих на языках тюркской группы, прежде всего у башкир и татар. Разберем её по составу: основа «Айтук» восходит к мужскому личному имени Айтук (или Айтуган), где «ай» означает «луна» или «месяц», а «тук» (или «туган») — «сытый, полный» либо «рожденный». Таким образом, имя-основа могло трактоваться как «полнолунный» или «рожденный в полнолуние» — образ, связанный с полнотой, благополучием и светом. Суффикс «-ов» в мужской форме Айтуков указывает на принадлежность: буквально «сын Айтука», то есть потомок человека с таким именем.

В тюркской ономастике имя Айтук встречается в исторических записях, например, у башкирских родоплеменных групп. Имена с компонентом «ай» были популярны как пожелание красоты, ясности и удачи, подобно тому, как луна считалась символом света в ночи. Фамилия Айтукова могла закрепиться в XVI–XIX веках, когда у народов Урало-Поволжья начали оформляться наследственные фамилии по русской модели — через добавление суффиксов -ов/-ев. В отличие от русских фамилий, где такая модель обычно указывала на отчество, здесь она адаптировала тюркское имя к документальной системе Российской империи.

Географически фамилия Айтукова чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах исторического расселения башкир и татар. Встречаются варианты написания: Айтуков, Айтукова, реже Айтук. Если основа имени действительно связана с «туган» (рожденный), то возможна параллель с фамилией Айтуганов, хотя это отдельный ономастический ряд.

Споров о происхождении почти нет: тюркская основа очевидна, а суффикс «-ов» — типичный для фамилий, оформленных в русской канцелярской традиции. Социально предки носителей фамилии могли быть как рядовыми скотоводами или земледельцами, так и представителями башкирской или татарской знати — имя Айтук не было строго сословным. Единственная тонкость: в некоторых диалектах «тук» могло означать не «сытый», а «остановка, привал», что дало бы прозвище человеку, родившемуся в пути, но эта версия менее распространена.