Фамилия Бабиленко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс исторически указывал на сына или потомка человека, чьё имя или прозвище легло в основу. Дословно Бабиленко — «сын Бабилы» или «потомок Бабилы».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Бабила. Здесь открывается пространство для версий. Самая прямая связь — с именем Вавила (разговорная форма — Бабила), которое восходит к древнееврейскому имени, связанному с Вавилоном. Вавила — это каноническое христианское имя, известное по святому Вавиле Антиохийскому. В этом случае фамилия Бабиленко — «потомок Вавилы».

Однако существует и народная, бытовая версия. В украинских говорах слово «бабила» могло быть прозвищем для человека, который много времени проводит с женщинами, бабами, или же для того, кто выполняет «бабью» работу (например, нянчится с детьми). Не исключено ироничное прозвище для мужчины, который любит посплетничать или находится под каблуком у жены. Такие прозвища были распространены в крестьянской среде, где меткое слово часто заменяло официальное имя.

Географически фамилия Бабиленко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Черкасской, Полтавской и Киевской губерниям, откуда в XIX веке началось активное переселение на Кубань и юг России. Поэтому значительная часть носителей фамилии сегодня живёт в Краснодарском крае и Ростовской области.

Социально фамилия Бабиленко — типично крестьянская, казачья. Она могла принадлежать как вольному казаку, так и бывшему крепостному. Суффикс -енко в XVIII–XIX веках был настолько массовым на Левобережной Украине, что его часто прибавляли к любому имени или прозвищу без особого сословного оттенка.