Фамилия Бадарханова — одна из тех, чье происхождение уходит в бурятскую и монгольскую языковую среду. В её основе лежит составное имя Бадархан, которое образовано от двух тюрко-монгольских корней: «бадар» (от санскритского «бхадра» — благой, счастливый, или от монгольского «бадар» — свет, блеск) и «хан» — титул правителя, владыки. Таким образом, личное имя Бадархан могло означать «светлый хан», «благой правитель» или «блистательный властелин». В бурятской ономастике такие имена с компонентом «хан» не обязательно указывали на реальный титул — скорее, они несли пожелание величия, удачи и покровительства высших сил.

Модель образования фамилии проста и характерна для регионов, где фамилии складывались под русским влиянием: к основе Бадархан добавлен патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). В русской традиции так оформляли фамилии от отчества или дедовского имени. Поэтому Бадарханова буквально означает «потомок (дочь или жена) Бадархана». Мужской вариант — Бадарханов.

Встречается фамилия преимущественно среди бурят, особенно в Республике Бурятия, а также в Иркутской области и Забайкальском крае. Реже — у калмыков и монголов. В русских документах XIX — начала XX века фамилия могла записываться с вариациями: Бадарханов, Бадархан, Бадарханаев. Современная форма закрепилась в советское время при унификации паспортной системы.

Социальный контекст предков-носителей фамилии чаще всего связан с кочевым скотоводством или буддийским духовенством. Имя Бадархан нередко давали в ламаистской среде, где санскритские заимствования (вроде «бхадра») были распространены благодаря буддийским текстам. Поэтому среди Бадархановых могли быть как простые араты (скотоводы), так и люди, связанные с дацанами — монастырями. Фамилия не относится к древним русским дворянским родам, но её история — часть более широкого пласта сибирской и центральноазиатской антропонимии.