Фамилия Баглыков — один из тех редких случаев, когда за привычным русским суффиксом -ов скрывается тюркская основа, причём не самая очевидная. В отличие от множества фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта восходит к прозвищу или имени, которое носили в тюркоязычной среде, скорее всего, на Кавказе или в Поволжье.

В основе лежит слово «баглык». В тюркских языках (например, в кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском) «баглы» означает «связанный», «привязанный», а также «обязательный», «верный». Суффикс -лык образует отвлечённые понятия или названия предметов. Таким образом, «баглык» могло быть прозвищем верного, обязательного человека, а могло обозначать и конкретную вещь — например, завязку, ремень или привязь для скота. Фамилия Баглыков буквально означает «потомок Баглыка» (человека с таким прозвищем).

Вероятно, фамилия сформировалась в среде, где русская администрация фиксировала местное население по отчеству, добавляя стандартный суффикс -ов. Поэтому географически Баглыковы чаще всего встречаются в регионах со смешанным русско-тюркским населением: в Ставропольском крае, Калмыкии, Астраханской области, а также среди кубанских казаков, куда влились выходцы с Кавказа.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и остаётся сравнительно редкой. Это говорит о том, что прозвище Баглык не было массовым, а принадлежало, скорее всего, одному роду или небольшой группе людей, которые и дали начало фамилии. Встречается также вариант написания Баглыков с ударением на первый слог — это может быть связано с диалектными особенностями произношения в разных областях.