Фамилия Баканач образована от прозвища Бакан, которое, в свою очередь, восходит к нарицательному «бакан». Так в старину называли красильный лак — краску из органических веществ (красных, жёлтых, зелёных), смешанных с металлическими основаниями. Слово попало в русский язык из тюркских или, по другой версии, из голландского, где «baken» значило «маяк» или «сигнал», но в нашем случае закрепилось именно за краской. Поэтому прозвище Бакан относится к «профессиональным» именованиям: его давали человеку, который работал с красками. Это мог быть художник, иконописец или красильщик тканей.

Связь с иконописью не случайна. В документах встречается, что фамилия Баканов была особенно распространена среди «богомазов» (иконописцев) в Шуе, Палехе и Иванове — знаменитых центрах русской иконописи. А в труде историка С. Веселовского упоминается Бакан Дмитриевич Тютчев, живший в XVI веке в Зубцове. Это говорит о том, что прозвище было в ходу в разных слоях общества, причём уже тогда оно могло заменять родовое имя.

Фамилия Баканач образована по редкой для русского языка модели: к основе «Бакан» добавлен суффикс «-ач». Чаще всего такой суффикс встречается в белорусской и украинской традиции, где он придаёт фамилии оттенок «сын такого-то» или «носитель признака». Таким образом, Баканач — это «сын Бакана» или «потомок того, кого прозвали Бакан». В русских фамилиях более привычны окончания «-ов» или «-ин», поэтому форма «Баканач» выдаёт южное или западное происхождение рода. Скорее всего, предки носителя этой фамилии жили на границе великорусских и малорусских земель, где смешивались традиции имяобразования.

Со временем прозвище Бакан, изначально бытовавшее как дополнительное именование, полностью вытеснило наследственное имя и закрепилось в официальных документах уже в форме Баканач. Фамилия осталась редкой: она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, а бытовала в среде ремесленников и мастеровых людей — тех, кто знал толк в красках и кистях.