Фамилия Баканеев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а слово с явным диалектным или иноязычным оттенком. Чтобы понять её происхождение, стоит начать не с корня, а с географии: фамилия встречается в основном в Поволжье и на Южном Урале, среди русских и татар, что сразу подсказывает возможные пути заимствования.

Суффикс -еев указывает на притяжательную модель отчества: Баканей — тот, чьим сыном или потомком был первый носитель. Сама основа «бакан» в русских говорах имела несколько значений. В орловских и курских краях баканом называли краситель — красный сандал или марену, а в переносном смысле — человека с красным, обожжённым лицом. В татарском языке «бакан» — это шест, жердь, а также мера длины. Третья версия ведёт к тюркскому «бака» (лягушка) с уменьшительным суффиксом -ней, что давало прозвище человеку с приплюснутой формой лица или характерной походкой.

Правдоподобнее всего выглядит связь с красильным ремеслом или прозвищем по внешности. Фамилии на -еев с корнем «бакан» известны в документах XVII–XVIII веков — в переписных книгах Симбирской и Казанской губерний встречались Баканеевы, часто среди посадских людей и крестьян, занимавшихся окраской тканей. Версия с «лягушкой» спорна: для русской ономастики такое прозвище маловероятно, а вот для татарской среды — вполне, но тогда фамилия писалась бы как Баканеев, а не Баканеев (с одним «н»).

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Баканов, Баканин, Баканчиков — все они идут от той же основы, но с разными суффиксами. Баканеев выделяется именно редким формантом -еев, который в русских фамилиях обычно передаёт тюркское или диалектное происхождение прозвища. Унбегаун в своём словаре не упоминает эту фамилию, но её структура полностью укладывается в модель отчеств от прозвищ, не связанных с крестильными именами.

Так что предки Баканеевых могли быть либо красильщиками, либо людьми с приметной внешностью, а сама фамилия закрепилась там, где русские и тюркские говоры переплелись особенно плотно — в среднем Поволжье.