Фамилия Бакко — редкий для России случай, когда фамилия не получила типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Она застыла в той форме, в которой её записали в документы, и это сразу выдаёт её нерусское происхождение. В русской среде такие «голые» фамилии чаще всего встречаются у потомков выходцев из Западной Европы — немцев, французов, итальянцев, а также у народов Кавказа.

Самая вероятная версия — итальянская. Bacco по-итальянски значит «Вакх», то есть бог виноделия в римской мифологии. Это могло быть прозвищем весельчака, пьяницы или винодела, а в Италии — и личным именем. В пользу этой версии говорит и то, что в дореволюционной России было немало итальянских архитекторов, художников, врачей и купцов, чьи потомки остались жить в империи. Если предок был итальянцем, то фамилию не переделывали на русский лад, а писали как есть, и она так и закрепилась.

Вторая версия — немецкая. В немецком языке слово Backe означает «щека». Прозвище Бакке (Bakke) могли дать человеку с круглым лицом или полными щеками. При адаптации на русской почве конечное -е могло перейти в -о: Бакко. Немецкие колонисты в Поволжье и Причерноморье нередко получали фамилии по внешним признакам, и такая фонетическая замена не редкость.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «бак» означает «смотри», а «бакко» могло быть повелительной формой или прозвищем зоркого человека. Но эта версия слабее, потому что в тюркских фамилиях редко встречается двойное «к» и конечное «о» без суффикса.

Фамилия Бакко не входит в число распространённых, её носители в России — это, скорее всего, потомки единичных переселенцев. Встретить её можно в крупных городах и на юге страны, где исторически селились иностранцы. Сословной принадлежности у фамилии нет: среди итальянцев это мог быть и мастер, и крестьянин, среди немцев — колонист или ремесленник.