Фамилия Бальчинов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?»). Основа здесь — Бальча или Бальчо. Но что стоит за этой основой — вопрос, на который есть два основных ответа, и оба ведут в разные эпохи.

Вероятнее всего, корень связан с тюркским словом «бал» — мёд. В татарском, башкирском, казахском языках «бал» означает и мёд, и сладость. Отсюда легко образуются прозвища: Балчы — «сладкоежка», «медовик», или Балчын — «сладкий», «медовый». В русской среде такое прозвище могли дать либо человеку с пристрастием к сладкому, либо торговцу мёдом, либо пасечнику. Суффикс -ин в тюркских языках часто образует прилагательные, и Балчын — уже готовое прозвище, которое на русской почве получило фамильный суффикс -ов. Таким образом, Бальчинов — потомок того, кого прозвали Сладким или Медовым.

Есть и другая, менее распространённая версия: от имени Бальча как уменьшительной формы крестильного имени Валерьян (через Валя, Валян) или, что реже, от имени Бальтазар (библейское Валтасар). В народной речи такие имена могли сокращать до Баль, Бальша, Бальча — и уже от этих форм образовывать фамилии. Но эта гипотеза слабее: на территории, где фамилия встречается чаще всего (Бурятия, Забайкалье, Иркутская область), тюркское влияние в ономастике выражено гораздо сильнее, чем память о греческих или еврейских именах.

География фамилии подсказывает, что её носители — не случайные переселенцы из центральной России. Бальчиновы — коренные жители Восточной Сибири, в первую очередь бурятских степей. У бурят фамилии на -ов часто образовывались от тюркских основ (через посредничество монгольских языков), и «бал» в значении «мёд» — общее слово для алтайской языковой семьи. Так что предок Бальчиновых мог быть и бурятом, и русским казаком, перенявшим местное прозвище.

Стоит заметить, что ударение в фамилии народное, плавающее: в одних семьях говорят Бальчи́нов (от тюркского ударения на последний слог), в других — Ба́льчинов (по русской привычке ставить ударение на основу). Вариант с ударением на второй слог — Бальчи́нов — считается более старым и близким к исходному тюркскому произношению.