Фамилия Баловин образована от прозвища Баловень или Балова. В основе лежит глагол «баловать» — в старину он означал не только «шалить», но и «давать волю», «потакать», а в некоторых говорах — «ворожить», «колдовать». Прозвище Баловень могли дать избалованному ребёнку, любимчику в семье, а Балова — человеку, который любит шалить или, напротив, занимается баловством как ремеслом (скоморох, потешник). Фамилия закрепилась через суффикс принадлежности -ин: Баловин — «сын Балова» или «из семьи Балова».

В русской ономастике фамилия редкая. Словарь Б. Унбегауна не включает её в число распространённых, что указывает на локальное бытование. Вероятнее всего, она возникла в центральных или северных губерниях России, где суффикс -ин типичен для фамилий от прозвищ на -а/-я. Встречается и вариант Баловеньев — от полной формы прозвища, но Баловин короче и архаичнее по модели.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «баловень» в значении «колдун», «знахарь». В некоторых областях (Вологодчина, Архангельский край) «баловать» означало «ворожить». Тогда предок Баловина мог быть деревенским ведуном или лекарем. Однако в отсутствие прямых письменных подтверждений эта гипотеза остаётся предположением.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Балов, Балуев, Баловнёв — показывает, что Баловин стоит особняком: в ней сохранён суффикс -ин, типичный для кратких прозвищ, в то время как Балов образован от полной основы без суффикса, а Балуев — от формы Балуй. Таким образом, Баловин — одна из самых прямых наследниц древнерусского прозвищного имени, почти не изменившегося за века.