Фамилия Балукин образована от прозвища или нецерковного имени Балука. В его основе лежит глагол «баловать». Балукой в старину называли баловника — человека несерьёзного, склонного к шалостям и розыгрышам. О таких людях говорили: «Балованного парня не перебалуешь» (то есть не переучишь), «Баловством хлеба не добудешь». Однако не исключено, что имя Балука давали не только за шаловливый нрав. В семьях, где ребёнок был горячо любим и чрезмерно опекаем, его тоже могли назвать Балукой — то есть баловнем. Так прозвище, данное родителями в нежности, закреплялось за человеком на всю жизнь.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Балук- добавлен патронимический суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Балуки). Это одна из самых распространённых моделей в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

География фамилии неширокая. Балукины встречаются в основном в центральных регионах России и в Поволжье. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в среде крестьян или мещан после отмены крепостного права, когда фамилии стали массово закрепляться.

Стоит заметить, что фамилия Балукин не имеет отношения к слову «балук» в значении «рыба» (так в некоторых говорах называют крупного лосося) — это омонимичное, но совершенно другое по происхождению слово. Версия с рыбой правдоподобна разве что для прозвища рыбака, но звуковой и смысловой ряд «баловать — баловник — Балука» выглядит убедительнее и подкреплён народными поговорками.