Фамилия Бамбукин не связана с экзотическим растением, несмотря на прозрачную ассоциацию. Её основа — прозвище, которое в русских говорах имело вполне конкретное значение. В словаре Владимира Даля «бамбук» или «бамбуха» — это неуклюжий, неповоротливый человек, увалень. В некоторых регионах так называли и зазнайку, человека с «дутым» самомнением. Таким образом, фамилия Бамбукин — типичное «характерологическое» прозвище, данное по особенности поведения или внешности.

Словообразовательная модель проста: к основе «Бамбук» добавили русский патронимический суффикс -ин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от основ на согласный (Бамбуков), суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я и к прозвищам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. Форма «Бамбукин» закрепилась, вероятно, потому, что исходное прозвище «Бамбука» (женского рода по грамматическому оформлению) или «Бамбукя» (с мягким окончанием) давало именно такую производную. Фамилия Бамбуков, хоть и возможна, встречается реже и могла возникнуть независимо, от прозвища «Бамбук» (мужского рода).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где говоры сохранили слово «бамбук» в указанном значении. Встречается она и в казачьей среде. В дореволюционных переписях носители фамилии Бамбукин фиксировались в Курской, Воронежской губерниях и на Кубани.

Спорных версий здесь немного. Одна из них — связь с диалектным глаголом «бамбучить» (ворчать, бормотать), но она менее убедительна, так как прозвище от глагола обычно образовывалось бы через суффикс -ич (Бамбучич) или -ун (Бамбун). Версия о тюркском корне (например, от слова «бамбук» в значении «хлопок» или «вата») не выдерживает критики: в тюркских языках это слово звучит иначе и не дало бы столь естественного для русского уха прозвища.