Фамилия Бамбуркин — один из тех случаев, когда за благозвучным и даже комичным обликом скрывается довольно прозрачная профессиональная основа. Вопреки возможному впечатлению, корень здесь не в «бамбуке» или чём-то экзотическом. Основа фамилии — слово «бамбурка» или «бомбурка». В южнорусских и украинских говорах так называли сорт крупной, сладкой груши, а также разновидность тыквы или дыни. Человек, получивший прозвище Бамбурка, мог быть торговцем этими плодами, садоводом, либо же сам обладал округлой, «грузной» фигурой, что в народе часто служило поводом для прозвища.

Суффикс -ин указывает на типичную восточнославянскую модель образования: «чей?» — сын Бамбурки, то есть Бамбуркин. Фамилия закрепилась в среде крестьян и мещан, где прозвища по роду занятий или внешности были обычным делом. В отличие от фамилий на -ов, образованных от названий животных или профессий, «растительный» корень здесь встречается реже, что делает Бамбуркиных заметными в документах.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — к регионам, где были распространены бахчевые культуры и садоводство. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, прозвище дали в одном или нескольких соседних сёлах, а затем оно разошлось с переселенцами. Встречаются варианты написания с буквой «о» — Бомбуркин, что подтверждает диалектное аканье (произношение «бамбурка» при написании через «о»).

Версия о происхождении от тюркского или кавказского корня (например, от слова «бамбур» — некий музыкальный инструмент) выглядит натянутой, так как не подкрепляется ни географией фамилии, ни её словообразовательной моделью. Никаких документальных следов такой этимологии нет. Таким образом, наиболее вероятный предок Бамбуркина — человек, имевший дело с грушами, тыквами или дынями, либо получивший уличное прозвище за сходство с ними.