Фамилия Банькова — женская форма фамилии Баньков, в основе которой лежит прозвище Банек. Связь с баней здесь прямая, но не единственная. Чаще всего Баньком называли хозяина бани или банщика — человека, который топил, прибирал и следил за парной. Однако в разных говорах у слова «баня» были и переносные значения. Например, в некоторых регионах «баней» называли стекловаренную печь, поэтому Баньком могли прозвать мастера по изготовлению стекла. Ещё одна версия отталкивается от внешности: «банька» или «банек» в диалектах иногда означало нечто круглое и полное, отсюда прозвище мог получить дородный, плотный человек.

Суффикс -к- в прозвище Банек указывает на уменьшительную или обиходную форму. Такое образование типично для прозвищ, которые давали по занятию или характерной черте. Сама фамилия Баньков закрепилась как отчество: «чей?» — Баньков, то есть сын или потомок Банька. В женском варианте — Банькова.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где банное дело и стеклодувный промысел имели давние традиции. Встречаются и однокоренные фамилии: Банников, Банщиков, Баневич — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами, что показывает, насколько разнообразно в народе называли человека, связанного с баней.