Фамилия Барабуля звучит непривычно для русского уха, и это подсказка: её корни, скорее всего, не в великорусских говорах. Наиболее вероятная версия — украинское или белорусское происхождение, где слово «барабуля» (или «барабулька») имеет два основных значения. Первое — это мелкая рыба, род бычка или султанки (барабулька). Второе, и более распространённое в диалектах, — картофель, особенно молодой или мелкий. Прозвище Барабуля могли дать либо рыбаку, ловившему эту рыбу, либо человеку невысокого роста, плотного телосложения (как клубень), либо крестьянину, чья жизнь была тесно связана с огородом и урожаем картошки.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: прозвище Барабуля перешло в фамилию без дополнительных суффиксов, по так называемому «украинскому» типу. Такие фамилии (на -а, -я, -о) нередко встречаются в Западной Украине, на Подолье и в южных районах Беларуси. В русской среде фамилия могла бы трансформироваться в Барабулин, но форма Барабуля сохранилась в исходном виде, что говорит о регионе её бытования.

Стоит упомянуть и более редкую, экзотическую версию. В молдавском и румынском языках есть слово «bărbun» (барбун) — вид красной рыбы. В зоне украинско-молдавского пограничья (Одесская, Черновицкая области) прозвище могло возникнуть под влиянием соседних языков, а затем обрусело или обрело украинскую огласовку. Однако версия с картофелем — самая бытовая и правдоподобная, поскольку прозвища по овощам и клубням были широко распространены в крестьянской среде.

Сословно фамилия, скорее всего, изначально принадлежала крестьянам или казакам. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Встречаемость фамилии сегодня невысока, она сосредоточена в основном на Украине и в южных областях России, куда мигрировали украинские крестьяне в XVIII–XIX веках.