Фамилия Бардыгин — одна из тех, где разгадка лежит на поверхности, но не сразу бросается в глаза. Самая вероятная версия происхождения — от прозвища или мирского имени Бардыга. Основа здесь — «барда», слово с двумя основными значениями. Первое, и самое древнее, — это густая мутная жидкость, отстой, а в переносном смысле — путаница, беспорядок или вздор. Второе, более конкретное, — это отходы винокуренного производства, барда, которой кормили скот.

Следовательно, прозвище Бардыга могли дать человеку по характеру (нескладному, взбалмошному или любящему пустые разговоры) либо по роду занятий. В последнем случае предок мог работать на винокурне или заниматься перегонкой, иметь дело с бардой. Не исключён и бытовой вариант: прозвище могло закрепиться за тем, кто держал скотину и кормил её этой самой бардой.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — Бардыгин, то есть сын Бардыги. Такие фамилии обычно возникали в среде, где основой служило прозвище, а не каноническое крестильное имя. В отличие от фамилий на -ов (от имён на твёрдый согласный), -ин присоединялся к основам на -а, -я.

Стоит отметить, что фамилия редкая и имеет чёткую географическую привязку. Она практически не встречается в центральных и южных областях России, но хорошо известна в старых писцовых книгах Вятской губернии (современная Кировская область) и в Поволжье. В частности, в Слободском и Глазовском уездах фамилия Бардыгин фиксируется с XVII века. Это говорит о том, что прозвище и фамилия возникли в среде северорусского или вятского крестьянства, где слова «барда» и «бардыга» имели хождение в бытовой речи.

Встречается и менее распространённая гипотеза, связывающая основу с тюркским словом «барды» (было, имелось) или с именем Барды (встречается у татар и башкир). Однако для русской фамилии, зафиксированной в чисто русских уездах, эта версия выглядит натянутой: прозвищный характер слова «бардыга» в русских говорах подтверждён диалектными словарями, и это объяснение куда проще и правдоподобнее.