Фамилия Барнуков в русском контексте почти наверняка образована от прозвища или имени Барнук. Сама основа «Барн» нехарактерна для славянской лексики, поэтому здесь стоит искать тюркские или, реже, финно-угорские корни. В тюркских языках существует слово «бар» со значением «есть, имеется» или «богатство», а также «барн» как вариант слова «баран» (овца). Таким образом, Барнук — человек, которого прозвали либо «богачом» (от «бар»), либо «бараном» (в переносном значении — упрямец или, наоборот, пастух). Третья версия: Барнук — это адаптированная форма крестильного имени Варнава (от арамейского «сын утешения»), где начальное «В» отпало, а «на» перешло в «ну» под влиянием местных говоров. Такая замена согласных — частая история в простонародной среде.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Барнуков — сын Барнука. Модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда крестьян и посадских людей записывали по отцу. Если бы фамилия возникла в среде донских или запорожских казаков, где часто встречались тюркские прозвища, она могла бы звучать как Барнученко, но форма на -ов говорит о более северном, центрально-русском или поволжском ареале.

В словарях фамилия Барнуков не фиксируется как распространённая — она редкая. Это значит, что родоначальник, скорее всего, был незнатным человеком: крестьянином, однодворцем или служилым человеком «по прибору» (стрельцом, пушкарём). В документах XVII–XVIII веков такую фамилию можно было бы встретить в пограничных с тюркскими народами уездах — например, в Казанской, Симбирской или Оренбургской губерниях, где русские переселенцы активно контактировали с татарами и башкирами.

Интересная деталь: при переписи населения в XIX веке фамилию могли исказить до Борнуков или Барнаков, спутав с названием города Барнаул. Но исходная форма именно Барнуков — с ударением на второй слог (БарнУков), что подтверждает её прозвищное, а не географическое происхождение.