Фамилия Барнуковский звучит как типичная польско-украинская или белорусская фамилия с суффиксом -ский, но её корень ставит исследователя в тупик. В отличие от сотен фамилий на -ский, образованных от названий сел (Зеленский, Заболоцкий), основа «Барнук» не встречается в славянской топонимике. Это сразу наводит на мысль, что перед нами не географическая, а прозвищная фамилия, которую «одворянили» окончанием.

Самый вероятный источник — прозвище Барнук, которое могло быть переосмыслением тюркского слова «барнак» (палец) или диалектного «барнук» — так в некоторых русских говорах называли упрямого, бодливого человека, буквально «барана». Вторая версия, менее очевидная, отсылает к немецкому «Barn» (амбар, житница) через еврейские фамилии: в черте оседлости встречались фамилии вроде Барнух, Барнук, и при переходе в православие могли добавить польский суффикс. Третья гипотеза — топонимическая: в Польше есть деревня Барнуки (Barniuki), но она редка, и фамилия от неё скорее звучала бы как Барнуцкий.

Суффикс -овский в данном случае не указывает на принадлежность (как -ов/-ев), а скорее на происхождение от места или прозвища, причём в польской традиции такие фамилии носили шляхтичи, а в украинской — духовенство или казаки. Если предки Барнуковского были крестьянами, фамилию им могли дать помещик или писарь по прозвищу, искусственно «облагородив» её.

В современных базах фамилия редкая, встречается в основном на западе Украины и в Беларуси, что подтверждает её польско-литовские корни. Никаких знаменитых носителей, попавших в энциклопедии, нет, что типично для фамилий, не принадлежавших столичному дворянству. Спор о точной этимологии остаётся открытым, но версия с упрямым характером («баран») выглядит правдоподобнее всего: в крестьянской среде прозвища давали по поведению, а не по редким деревням.