Скорее всего, прозвище, а затем и фамилию Барышкин получил либо богатый, но скуповатый, либо не очень разборчивый в средствах торговец. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Барышник, со временем получил фамилию Барышкин.