Фамилия Барышникова образована от прозвища Барышник. В основе лежит слово «барыш» — прибыль, выгода, нажива. Барышником в старину называли либо удачливого, но прижимистого торговца, либо перекупщика, не слишком разборчивого в средствах. Прозвище давали не столько за богатство, сколько за характер и отношение к деньгам. Фамилия закрепилась по стандартной русской модели: к основе Барышник прибавили суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на принадлежность роду. Буквально Барышникова — «дочь (или жена) Барышникова», но в качестве наследственной фамилии она закрепилась за потомками.

Первые письменные упоминания относятся к XVI веку. В документах 1536 года записан крестьянин Савва Семенов сын Барышников из Бежецка. В 1580 году под Луками Великими погиб Афанасий Данилович Барышников. Эти ранние записи показывают, что фамилия бытовала в разных слоях общества — от крестьян до служилых людей.

Не все носители фамилии были простого звания. Существует нетитулованный российский дворянский род Барышниковых, ведущий начало от Ивана Иванова Барышникова. Герб этого рода внесён в 3-ю часть «Общего гербовника дворянских родов Российской империи». Отдельно известна донская дворянская ветвь Барышниковых. Таким образом, фамилия не закрепилась за одним сословием: среди предков могли быть и крестьяне, и купцы, и дворяне.