Фамилия Баудинова — женская форма от Баудинов, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Баудин. Основа здесь — тюркское или арабское имя Баудин, которое встречается у народов, исповедующих ислам. В арабском языке имя Баудин (или Бавадин) может восходить к корню со значением «желанный», «долгожданный» — так нередко называли позднего или вымоленного ребёнка. В тюркской среде имя могло быть вариантом имени Бауыржан (от «бауыр» — печень, в переносном смысле «родной», «близкий»), но это менее надёжная версия.

Словообразовательная модель фамилии типична для Поволжья, Урала и Северного Кавказа: к основе на согласный добавляется русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность. То есть Баудинов — буквально «сын Баудина». В русской среде такие фамилии закрепились в XVII–XIX веках, когда татары, башкиры, ногайцы и другие народы принимали православие или попадали в ревизские сказки, где их имена записывали по русскому образцу.

Стоит отметить, что фамилия Баудинова не относится к числу распространённых дворянских. Скорее всего, предки носительницы были крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми «по прибору» — например, ямщиками или стрельцами, которые жили на юго-восточных границах России. В современных справочниках фамилия встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, что подтверждает её региональную привязку.

Если отбросить экзотические версии о связи с французским словом «baud» (весёлый) или немецким «Baudin» (производное от имени Балдуин), то наиболее правдоподобным остаётся тюркско-арабский след. В пользу этого говорит и географическое распространение фамилии: в республиках Поволжья и Приуралья она встречается в десятки раз чаще, чем в центральной России.