Фамилия Бауков — одна из тех, где на первый план выходит не ремесло или должность предка, а его прозвище. В основе лежит слово «баук», которое в южных говорах означало паука. Прозвище могли дать человеку угрюмому, нелюдимому, ведущему замкнутый образ жизни — либо, наоборот, тому, кто любил ходить в пестром или неопрятном платье, как паук в своей сети.

Есть и вторая, менее распространённая версия: прозвище Баук могли связать с глаголом «баукать», то есть баюкать, укачивать. Если так, то Бауком называли человека с мягким, спокойным голосом и размеренной речью — того, кто умел убаюкать словом. Обе гипотезы имеют право на существование, но версия с пауком выглядит более убедительной: в народной ономастике прозвища от названий животных и насекомых встречаются гораздо чаще, чем от глаголов звучания.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: от имени или прозвища на согласный. То есть Бауков — буквально «сын Баука». В документах фамилия зафиксирована с XIX века. В Книге памяти Рязанской области записан Бауков Алексей Александрович, родившийся в 1881 году в селе Ижевское Спасского района. В Книге памяти Саратовской области упоминается Бауков Алексей Ильич 1893 года рождения из деревни Грачевка Петровского района. Обе записи — из чернозёмной полосы, что косвенно подтверждает южное происхождение прозвищной основы.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения за пределами центральных и южных областей России. Это говорит о том, что прозвище Бау́к оставалось локальным, диалектным — его не переносили на север или в Сибирь вместе с переселенцами. Сейчас носители фамилии встречаются в основном в Рязанской, Саратовской, Тамбовской и Воронежской областях, что совпадает с ареалом бытования южнорусских говоров, где паука называли бауком.