Фамилия Бауковы — одна из тех, где за простой основой скрывается неочевидный выбор: что именно имели в виду, когда давали прозвище. Самая прямая версия отсылает к южнорусским говорам, где «баук» значило «паук». В некоторых областях слово закрепилось именно в такой форме, а не в привычной «паук». Прозвище могли дать человеку не только за медлительность или скрытный образ жизни — паук ассоциировался с трудолюбием и терпением, так что возможен и положительный оттенок.

Вторая версия, более редкая, связывает прозвище с глаголом «баукать» — то есть баюкать, укачивать. В этом случае Бауком называли человека с мягким, убаюкивающим голосом или спокойным нравом. Оба корня — диалектные, поэтому фамилия встречается не повсеместно, а тяготеет к южным и центральным регионам России.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Баука». Фамилия закрепилась как наследственная, когда прозвище перестало быть личным и перешло к детям. Среди однокоренных встречаются Баукин, Бауковский, но Бауковы остаются основным вариантом.

Точное время возникновения фамилии не установлено, но процесс массового закрепления фамилий у крестьян и мещан пришёлся на XVIII–XIX века. Сословная принадлежность первых Бауковых неясна: прозвище могло возникнуть и в крестьянской, и в посадской среде. Спор между версиями «паук» и «баюкатель» не разрешён окончательно, но первая поддержана словарями народных говоров, вторая остаётся гипотезой без широкого лингвистического подтверждения.