Фамилия Баукова — женская форма фамилии Бауков. Она относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища или мирского имени с помощью патронимического суффикса -ов. Это значит, что в основе лежит имя или прозвище Баук, а сама фамилия буквально означает «дочь (или жена) Баука».

Основная версия происхождения прозвища Баук связана с диалектным словом «баук»: так во многих южных говорах называли паука. Человек, получивший такое прозвище, мог отличаться характером (например, быть угрюмым или замкнутым), манерой одеваться (носить тёмную, «паутинную» одежду) или вести затворнический образ жизни. В народном сознании паук часто ассоциировался с неторопливостью, терпением и скрытностью, что и могло лечь в основу прозвища.

Менее вероятна версия, связывающая прозвище Баук с глаголом «баукать» — то есть «баюкать, укачивать». В этом случае Бауком могли называть человека с приятным, спокойным голосом и плавной манерой речи — того, кто мог убаюкать ребёнка или успокоить разговором. Эта гипотеза уступает первой по распространённости, так как глагол «баукать» в русских говорах встречается реже, чем слово «баук» в значении «паук».

Сведения о носителях фамилии сохранились в архивных документах. В Книге памяти Рязанской области записан Бауков Алексей Александрович, родившийся в 1881 году в селе Ижевское Спасского района. В Книге памяти Саратовской области упоминается Бауков Алексей Ильич 1893 года рождения из деревни Грачевка Петровского района Нижне-Волжского края. Эти записи подтверждают, что фамилия исторически бытовала в центральных и поволжских регионах России.