Фамилия Баушкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Баушкин — значит «сын Баушки» или «человек из дома Баушки». Основа здесь — «Баушка», уменьшительная форма от слов «баушка» или «баушкать». В северных и сибирских говорах «баушка» — это бабка, повитуха или просто пожилая женщина. Но прозвище могло относиться и к мужчине: в старину нередко давали «женские» прозвища мужикам, которые много времени проводили с бабами, любили сплетничать или, наоборот, занимались бабьей работой — нянчили детей, помогали по хозяйству.

Есть и другая, менее очевидная версия: основа могла произойти от глагола «баушкать» — говорить баюкающим голосом, укачивать. Тогда прозвище Баушка получал нянька или тот, кто умел успокаивать ребятишек. В любом случае, фамилия явно бытовая, деревенская, без книжного или церковного налёта. Она не связана с именами святых или географическими названиями — это чисто прозвищная фамилия, каких много в северных и центральных губерниях России.

Географически фамилия Баушкин тяготеет к Вологодчине, Архангельской области и Поволжью. В переписях XVII–XVIII веков такие прозвища встречаются среди крестьян и посадских людей. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — она оставалась простонародной. Поскольку суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов женского рода (сравните: Марьин, Дарьин), «Баушкин» стоит в одном ряду с фамилиями Бабкин, Дедкин, Тёткин — все они образованы от родственных прозвищ, указывающих на семейную роль или возраст.

Интересная деталь: в некоторых говорах «баушка» означала не только бабку, но и колдунью, знахарку. Поэтому нельзя исключать, что предок носителя фамилии был деревенским лекарем или повитухой — мужчиной, перенявшим женское ремесло. В современной России фамилия встречается редко, но не исчезла: её носители живут в основном в Центральной России и на Урале.