Фамилия Байбиков образована от тюркского имени Байбик (встречается также вариант Байбек). В основе лежат два слова: «бай» — богатый, могущественный, и «бек» — князь, повелитель, глава, господин. Изначально слово «бек» было древнетюркским военным термином, но со временем превратилось в распространенную именную основу и стало частью множества составных тюркских имен. Имя Байбик бытовало у сибирских татар и мишарей (мещеряков). Именно от него через русский суффикс -ов и возникла фамилия Байбиков, то есть «потомок Байбика».

Интересно, что фамилия сохранила необычный для русского уха вариант основы — Байбик, а не более привычный Байбек. Это говорит о том, что предки носителей фамилии принадлежали к конкретной этнической группе, где закрепилась именно такая форма имени. По сути, фамилия — прямое указание на то, что предок был уважаемым человеком, «богатым князем» или влиятельным главой рода.