Фамилия Байскаков звучит на русский слух непривычно, но её происхождение раскладывается на прозрачные и типичные для тюркских языков элементы. В основе лежит составное имя или прозвище Байскак, где первая часть «бай» означает «богатый, господин, хозяин», а вторая — «скак» восходит к тюркскому корню со значением «остерегаться, беречься» или «чуткий, настороженный». Таким образом, имя Байскак могло означать «богатый и осторожный» или «господин, который держит ухо востро». В кочевой среде такое прозвище давали человеку осмотрительному, предусмотрительному, умеющему избегать опасностей.

Фамилия образована по распространённой в казахской и других тюркских ономастических традициях модели: к основе Байскак добавляется русский патронимический суффикс -ов, что в XIX–XX веках было стандартным способом русификации фамилий при переходе на оседлость и взаимодействии с русской администрацией. То есть Байскаков — это буквально «сын Байскака». Суффикс -ов здесь не указывает на славянское происхождение, а лишь на способ оформления фамилии в документах.

Географически фамилия Байскаков наиболее вероятно связана с Казахстаном, особенно с южными и западными регионами, где распространены имена с компонентом «бай». Среди казахов встречаются и другие фамилии, образованные по той же модели: Баймуратов, Байгалиев, Байсакалов. Важно не путать Байскакова с фамилией Байсакалов — вторая происходит от имени Байсакал («бай» + «сакал» — борода, то есть «богатая борода»), что указывает на уважаемого старца.

В сословном отношении предки носителей фамилии, скорее всего, относились к свободным скотоводам или воинам, а не к знати, хотя компонент «бай» мог указывать на зажиточность. После вхождения казахских земель в состав Российской империи фамилия закрепилась через метрические книги и переписи. Сегодня Байскаковы встречаются преимущественно в Казахстане, а также среди диаспор в России, Узбекистане и Киргизии.