Фамилия Бегентаева — яркий пример тюркской ономастики, прочно вошедшей в русский именослов. Её основа восходит к казахскому или башкирскому мужскому имени Бегентай (варианты: Бигентай, Бикентай). Это составное имя: первая часть «беген» или «бикен» — диалектная форма от «бек» (князь, господин, сильный), вторая «тай» — распространённый тюркский компонент, означающий «жеребёнок», но в именах часто выступающий как ласкательный суффикс, придающий значение «дорогой, как жеребёнок» или «крепкий, как жеребёнок». Таким образом, Бегентай дословно понимается как «княжеский жеребёнок» или «господин-жеребёнок» — типичная для кочевых народов метафора, где конь был мерой ценности и силы.

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий. Суффикс «-ева» указывает на принадлежность (буквально «дочь/жена Бегентая»), но в русской традиции фамилии на «-ев» закрепились как общие для всех потомков, независимо от пола. Однако в среде самих тюркских народов, например у казахов, фамилия могла долго не иметь жёсткого окончания, а форма Бегентаева — результат русификации документа XIX–XX веков, когда переписчики добавляли типовое русское окончание к отцовскому имени. Это отличает фамилию от, скажем, Бегентов, где основа усечена, или Бегентьев, где вставлен смягчающий «ь».

Географически фамилия тяготеет к Западному Казахстану, Оренбургской и Астраханской областям России, а также к Башкортостану. В этих регионах фамилия Бегентаева (и мужской вариант Бегентаев) встречается среди потомков казахов Младшего жуза и башкирских родов. Вероятно, предок носителя фамилии был человеком уважаемым, раз его прозвали «княжеским жеребёнком» — возможно, за удаль, богатство или связь с родоплеменной знатью. Других версий происхождения (от славянских корней или географических названий) ономастика не предлагает — корень явно тюркский и не имеет омонимов в русском языке.