Фамилия Бегим — редкий случай, когда происхождение почти прозрачно, но не для русского уха. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не образована от крестильного имени или профессии предка. Её основа — тюркское слово «бегим», которое в переводе с казахского, киргизского и ряда других языков означает «моя госпожа», «моя княгиня». Это женский титул, форма обращения к знатной женщине, жене или дочери бека (князя).

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русского языка. Фамилия не получила типичного суффикса -ов или -ин, а застыла в форме чистого титула. Это характерно для фамилий, возникших в среде тюркских народов, где родовые прозвания часто передавались без изменений. Встречается вариант написания «Бегимова» — с патронимическим суффиксом, но именно форма «Бегим» указывает на прямое, без переоформления, заимствование.

Носители фамилии Бегим в основном сосредоточены в Казахстане, Киргизии, а также среди татар и башкир. В русском контексте фамилия могла появиться в результате межэтнических браков или миграции. Вполне вероятно, что предок человека с этой фамилией был приближённым к местной знати или сам принадлежал к аристократическому роду, где титул «бегим» закрепился как родовое имя. Споров по этимологии почти нет — тюркское происхождение очевидно, хотя точное сословие (жена бека или дочь) без дополнительных генеалогических данных не установить.

В русских документах фамилия фиксируется редко, и её не следует путать с фамилией Бегимов, образованной по стандартной русской модели. Бегим — это более архаичная, «живая» форма, сохранившая память о статусе женщины в тюркском обществе.