Фамилия Белко в своей основе имеет прозвище Белка. Самая распространённая версия — происхождение от названия зверька. Прозвище Белка могли дать человеку подвижному и шустрому, как этот лесной житель. Однако есть и другая, более вероятная точка зрения: в основе лежит не животное, а цвет. Слово «белка» могло быть производным от прилагательного «белый» — так называли человека со светлыми волосами или бледной кожей. В пользу этой версии говорит и то, что украинская фамилия Білко (Белко) прямо связана с корнем «бел-» со значением «белый».

Менее известная, но любопытная гипотеза отсылает к древнерусской денежной системе. «Белкой» называли самую мелкую металлическую платёжную единицу. В этом случае прозвище мог получить человек, имеющий дело с торговлей или деньгами.

Фамилия образована с помощью типичного для украинских и белорусских фамилий суффикса -ко, который в прошлом часто указывал на молодого человека или сына: Белко — буквально «сын или потомок Белки». Эта модель (Ткач → Ткачко, Гриць → Грицько) была особенно распространена на западнорусских землях. Со временем прозвище, которое сначала дополняло крестильное имя, полностью заменило его и в быту, и в документах, закрепившись как наследственная фамилия.