Фамилия Белягина образована от прозвища Беляга. В основе лежит прилагательное «белый». Прозвище Беляга могли дать человеку со светлыми волосами или очень бледной кожей — такая внешность сразу бросалась в глаза и легко запоминалась. Но есть и другая версия: на Руси «белягой» иногда называли опрятного, чистоплотного человека, который следил за собой и своим домом. В некоторых говорах слово имело иной оттенок — так могли прозвать уклоняющегося от работы лентяя («беляга» в значении «белоручка»).

Фамилия построена по продуктивной модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Белягин — значит «сын Беляги» или «из семьи Беляги». В русской ономастике такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях, где -ин был типичным патронимическим показателем. Женская форма Белягина сохраняет ту же основу и означает «дочь или жена Белягина».

Словообразовательный ряд показывает, что фамилия родственна более частотным Белов, Беляев, Белкин. Однако Белягина выделяется редким суффиксом -яг(а), который в прозвищах придавал оттенок ласкательности или, наоборот, пренебрежения. В старых писцовых книгах встречаются похожие прозвища: Беляк, Беляй, Белянка. Форма Беляга фиксируется в севернорусских говорах и в документах XVII века, что косвенно указывает на возможное географическое происхождение фамилии — из районов Новгородчины или Вологодчины.

О дворянском происхождении носителей фамилии сведений нет. Скорее всего, Белягины относились к крестьянскому или мещанскому сословию: прозвища, перешедшие в фамилии, обычно закреплялись за простыми людьми, не имевшими наследственного титула. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании.