Фамилия Бендебера — одна из вариаций в гнезде украинских казацких фамилий тюркского происхождения. Её родственники: Бендеберя, Бендеберов, Дендеберя, Дендебера, Дендеберь, Дендиберь, Дендебер, Дендеберов, Дендиберов, а также Гендеберя, Гендебера, Ендеберя, Эндеберя и Эндиберя. Все они, по-видимому, восходят к одному источнику.

Самая яркая гипотеза связывает эти фамилии с легендарным запорожским гетманом Фесько Ганжой Андибером (в других вариантах — Хвесько Дендибер). Он — герой украинских народных дум, и его прозвище могло стать основой для целого ряда фамилий. Если так, то Бендебера — это патроним, то есть «сын Бендибера» (с озвончением или оглушением в начале).

Имя Андибер (Дендибер) — двусоставное тюркское. Первая часть восходит либо к татарскому «андый» («такой»), либо к древнетюркскому «динди» («жемчуг»). Вторая часть — «бер» — многозначна: это может быть тюркское «бер» («один») или турецкое beri («ближайший»). Если сложить оба значения, то исходное прозвище могло означать «единственный», «такой один» или «жемчужина среди близких» — то есть его мог получить единственный ребёнок в семье.

Так что, если вы Бендебера, ваши предки, скорее всего, были запорожскими казаками, а сама фамилия хранит память о прозвище, которое дали либо единственному сыну, либо человеку, которого сравнивали с жемчугом.